香港海防博物館主要分為三個區域，接待區、堡壘及古蹟徑，從有接近100年歷史的鯉魚門炮台改裝而成。博物館的歷史建築有一個很大的露天廣場，獨一無二的建築設計， 再加上其他原始的建築物料，為遊客提供一種舒適及古色古香的感覺。堡壘被改裝成為永久展覽走廊，包括明朝、清朝、前殖民地時期、日治時期、後殖民地時期及回歸後的香港防衛歷史。
香港海防博物館展出了400多件藏品全部均與香港的海防歷史有關，包括：槍械、大砲、手提武器、軍服及紡織品等。藏品全部屬於香港歷史博物館，另外又有超過20件珍貴文物是從中國國內及香港文博單位借展而來的。
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